A MSF afirmou que o ataque foi "uma clara violação do direito internacional" e resultou na perda de todos os medicamentos.
Além das sete mortes, foram registados 20 feridos, segundo um comunicado.
O hospital está localizado numa cidade do norte do país a cerca de 475 quilómetros da capita sudanesa, Juba.
"Às 04:00 de hoje, o hospital de MSF em Old Fangak, no Sudão do Sul, foi bombardeado. A farmácia foi destruída. Todos os medicamentos foram perdidos. Foram registados mortos e feridos", declarou a MSF em comunicado, citado pela AFP.
De acordo com a MSF, o ataque começou depois das 04:00, quando dois helicópteros lançaram uma bomba sobre uma farmácia, incendiando-a por completo.
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