Yoon "não só declarou a lei marcial, como cometeu actos que violaram a Constituição e a lei, incluindo a mobilização de forças militares e policiais para impedir a Assembleia Nacional de exercer a sua autoridade", afirmou o tribunal na sua decisão.
A decisão foi anunciada na sede do tribunal, em Seul, num evento transmitido em direto pela televisão, com a presença do público, num dia que poderá ser um novo ponto de viragem na turbulenta história política recente do país.
A confirmação da destituição de Yoon requeria o apoio de seis dos oito juízes do Tribunal Constitucional.
A Coreia do Sul terá agora de convocar eleições presidenciais antecipadas no prazo de 60 dias.
Uma eleição em que o claro favorito será o líder da oposição, Lee Jae-myung, absolvido na semana passada, em recurso, num caso que poderia ter custado a sua elegibilidade política.
A polarização em torno do caso tem sido intensa. Milhares de pessoas participaram em manifestações a favor e contra o presidente suspenso desde a sua destituição pelo parlamento.
A polícia ativou o nível máximo de emergência e mobilizou todos os operacionais, anunciaram as autoridades.
Há preocupações sobre uma possível repetição do incidente semelhante ao de 19 de janeiro, quando os apoiantes de Yoon invadiram o Tribunal Distrital Ocidental de Seul para protestar contra a decisão de prolongar a detenção do político.
Em 24 de março, o Tribunal Constitucional rejeitou um pedido de destituição do primeiro-ministro, Han Duck-soo, tornando-o novamente presidente interino.
"O processo de destituição de Han foi rejeitado por cinco votos contra um pelos oito juízes do tribunal", noticiou a agência de notícias sul-coreana Yonhap.
Han tinha sido suspenso pelos deputados em dezembro, após um curto período de transição inicial.
A decisão sobre Han é a primeira vez em que o tribunal se pronuncia sobre um caso relacionado com o decreto de lei marcial de curta duração de Yoon.
A Assembleia Nacional aprovou a demissão de Yoon a 14 de dezembro, 11 dias após a declaração de lei marcial, em resposta, segundo o presidente, a uma alegada ameaça interna ligada à oposição.
A medida, amplamente rejeitada até por membros do partido que apoiava Yoon, levou a uma invasão sem precedentes do parlamento pelo exército.
Desde então, Yoon mantinha-se suspenso do cargo, embora se mantenha formalmente como presidente.
Yoon foi detido em janeiro no âmbito de uma investigação criminal separada, sob acusações de insurreição --- o único crime pelo qual um presidente sul-coreano não tem imunidade --- mas foi libertado em março, depois da justiça ter decidido que a detenção excedeu o período legalmente permitido.
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